Záleží na historickém vývoji. Etymologii angličtiny a němčiny neznám, jen českou. Ale jak je vidět, on je zájmeno všeslovanské, i když původ má indoevropský, němčina převzala jinak.

On zájm. Všesl. – luž. wón, p., r. on,
ukr. vin, s./ch. ôn, stsl. onъ. Psl. *onъ,
*ona, *ono, původně zájmeno ukazující
na vzdálenější předmět (srov. :onen),
nahradilo v nom. osobního zájmena
pro 3. osobu nevýrazné *jь, *ja, *je,
od něhož jsou tvořeny ostatní pády
(viz :jeho, :jenž). Shoduje se s lit.
anàs ‘onen’, dále je příbuzné av. ana-
‘ten’, chet. anni- ‘onen’, ř. énē ‘pozítří’
(vlastně ‘onoho dne’) a snad i lat. enim
‘totiž, věru’ a něm. jener ‘onen’.

Východiskem je indoevropský zájmenný základ označující
vzdálenější předměty a osoby.

Rejzkův etymologický slovník

Zájmeno on bylo zesíleno jako ukazovací onen podle ten. Lidová podoba oný, oná, oné – nahrazuje slovo, na něž si někdo nevzpomíná – ale dodává – byl tam oný, oná …
Z těchto zájmen vzniklo mnoho dalších slovesných variant.

Proč ona pro ženu? slovo žena převzato z ruštiny.. Ženima = souložnice. Přípona – ima vyjadřuje nedostatek právní náležitosti. Takže žena byla později ona – něco „podřadného“, jen pro plnění jistých povinností.

Muž byl mužný, původem význam protiklad ženy, ale i pojmenování pro člověka. vůbec. Takže znamenal něco víc – byl ženě „vzdálený“ = on. Stejně jako ona jemu.

Možná v němčině a angličtině takový vztah mezi mužem a ženou nebyl.

Souhlasím s Annas, že záleží na historickém vývoji. Jednoznačná nebo jednoduchá odpověď na otázku „Proč“ asi neexistuje.

Rozlišení rodů v minulém čase se zpravidla vyskytuje u složených tvarů: Udělal/udělala jsem.
(To mmj. naznačuje, že původně šlo o perfektum – předpřítomný čas – JSEM udělalý, JSEM udělalá.)
Původní minulé časy (aorist – dokonavý, a imperfektum – průběhový) se v češtině přestaly používat (přibližně v době vrcholné až pozdní gotiky) a tvary „udělal jsem, řekl jsem, byl jsem“ je nahradily. Tím se smazal rozdíl mezi minulým a předminulým časem, což nám dnes někdy činí potíže při učení cizím jazykům. Zaniklé české časy též rod nerozlišovaly. Tvary „bych“ nebo „biech“ znamely jak „byl jsem“ tak „byla jsem“.
Tvary složených časů, které rozlišují rod (mluvčího) se vyskytují např. ve slovanských a románských jazycích (např. ital. sono stato, sono stata). V němčině a v angličtině se takové formy nevyskytují – I was = byl/a jsem, Ich machte/habe gemacht = udělal/a jsem.

(Pro přesné a další info se obraťte na odbornou literaturu. Já jsem například staročesky nemluvil … no, nejmíň od gotiky 😉 )

Doplňuji:
Opravy:
Nikoli: rozdíl mezi minulým a předminulým časem
Nýbrž : rozdíl mezi minulým a předpřítomným časem

Nikoli: znamely, ale: znamenaly

Upravil/a: MK44