Diakritika ve windows

protože "DOS okno" (emulátor) má jiné kódování než font, který to zobrazuje. Jde o rozdíl mezi CP1250 (Windows) a CP852 (DOS). Pokud pomocí alt+enter přepneš okno do fullscreen, bude to zobrazeno správně, protože bude použit nativní DOS font ve správném kódování.

win sice pro výpisy v command okně používají kódovou stránku latin-2, zatímco v grafickém prostředí win-1250, ale xp už to konečně umí převádět, to znamená že máš někde chybu.
ovládací panely - místní a jazyková nastavení - upřesnit - jazyk pro programy nepodporující unicode

pokud nepomůže nastavení na češtinu, máš buď vadné systémové fonty (.fon) bez české kódové stránky, nebo vadný záznam v registrech:

REGEDIT4

[HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows NT\CurrentVersion\FontSubstitutes]
"MS Sans Serif,0"="MS Sans Serif,238"